مواد شیمیایی که به منزله گندزدایی آبها و ضدعفونی فاضلابها به کار برده شدهاند عبارت اند از:
- کلر و ترکیبات آن
- برم
- ید
- اوزون
- فنل و ترکیبات فنلی
- الکلها
- فلزات سنگین و ترکیبات وابسته
- رنگها
- صابونها و شویندههای سنتزی
- ترکیبات آمونیوم چهار ظرفیتی
- پراکسید هیدروژن
- اسیدها و قلیاهای مختلف
از میان موارد یاد شده، رایجترین مواد گندزدایی کننده، مواد شیمیایی اکسایندهاند. کلر گندزدایی است که بیش از همه به کار میرود. ازون ماده گندزدای بسیار مؤثری است و اگر چه باقیماندهای از آن به جای نمیماند، اما مصرف آن رو به افزایش است. از آب بسیار اسیدی یا قلیایی نیز میتوان برای از بین بردن باکتریهای بیماریزا استفاده کرد زیرا آب در PH بیش از 11 یا کمتر از 3 برای اکثر باکتریها نسبتاً سمی میشود. به همین دلیل است که در قسمت درب ورودی اکثر دامداریها مقداری محلول آب آهک قرار داده میشود تا نسبت به گندزدایی کفش افراد و وسایل نقلیه اقدام گردد. بعضی از مواد شیمیایی فوق مثل فنل و ترکیبات آن برای آبهای آشامیدنی مضر و صرفاً برای گندزدایی آبهای صنعتی مثل آب برجهای خنککننده با حفظ مسائل محیطزیستی قابل استفادهاند.