دفتر برنامه ریزی طرحها از دفاتر زیرمجموعه معاونت مهندسی و توسعه می باشد که بطور کلی مأموريت اصلي این دفتر تهيه، تدوين و سازماندهی نظام برنامه ريزي در بخش آب و فاضلاب، برنامههاي سالانه، ميان مدت و درازمدت معاونت مهندسی و توسعه و همچنین بررسي و تاييد طرحهاي توزيع آب و فاضلاب از نظر انطباق با برنامهها و اولويتبندي طرح ها و اخذ مجوز و رديف بودجه جهت اجراي طرحهاي داراي اولويت می باشد. در این راستا مسئولیتها و وظایف مدیریت و پرسنل این دفتر به شرح زیر می باشد:
- همكاري با شركتها در برآورد بودجه، بررسي منابع مالي و تنظيم موافقت نامه هاي ملي طرحهاي تامين، انتقال، تصفيه و توزيع آب و طرحهاي جمع آوري و تصفيه فاضلاب و مبادله آن با سازمان برنامه و بودجه
- اخذ تخصيص و دستور حواله اعتبارات، تهيه به موقع اصلاحيه ها و جابجايي اعتبارات و پيگيري و نظارت بر پيشرفت كار طرحها
- همكاري با شركتهاي آب و فاضلاب در تعيين شاخص هاي تعيين اولويت برنامه ريزي براي تخصیص اعتبار طرح های تامين آب شرب شهرها
- انجام مطالعه به منظور تعيين شاخص هاي كلان درتامين آب شرب در كشور
- شـركت در كميسيونهـا و جلسـات مربوط به برنامه ريـزي و تعييـن خـط مشي و سياستها در رابطه با برنامه ريزي كلان